isolasi gen

21 10 2009

ISOLASI DNA

1.  Pendahuluan

1.1 Latar Belakang

DNA merupakan materi genatik yang yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme. Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat.

Isolasi DNA adalah suatu tekhnik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pada proses isolasi DNA ini, sel eukariotik harus dihancurkan terlebih dahulu melalui cara mekanik dan enzimatis. Hal ini disebabkan membran sel dari membran inti sebagian besar tersusun atas lipida, Oleh karena itu pada praktikum ini digunakan detergen untuk mengikat atau menurunkan tegangan permukaannya

1.2  Rumusan Masalah

1. Bagaimanakah terjadinya isolasi DNA pada semangka, tomat, nanas dan anggur  ?

2. Bagaimana pengaruh jenis detergen dan jenis buah terhadap hasil dan kecepatan isolasi DNA?

1.3 Tujuan

1.Untuk mengetahui proses terjadinya isolasi DNA pada buah semangka, tomat, nanas dan anggur.

2.Untuk mengetahui pengaruh jenis detergen dan jenis buah terhadap waktu dan kecepatan isolasi DNA pada buah semangka, tomat, nanas dan anggur.

2. Kajian Pustaka

DNA merupakan materi genetik yang sangat penting karena di dalam struktur DNA membawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein. DNA ini menyusun gen yang mengandung informasi yang diteruskan dari generasi ke generasi dan juga akan menentukan sifat-sifat suatu organisme. Kromosom yang terdapat dalam inti sel eukariot tersusun atas molekul-molekul DNA yang berikatan dengan protein histon dan non-histon. (Gardner,1991).

Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA. DNA terletak pada kromosom, dan terdapat pada inti sel, mitokondria dan kloroplas, sedangkan RNA terdapat pada nukleus (mRNA), pada sitoplasma (tRNA) dan ribosom (rRNA).

DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi. Zubaidah (2004: 38)menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah deterjen.

Zubaidah (2004 : 38) menambahkan bahwa pada saat penghancuran jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA, terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida. Senyawa polifenol yang teroksidasi akan mengadakan ikatan kovalen dengan DNA membentuk suatu senyawa kompleks berwarna kecoklatan, sedangkan polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nuklet saat presipitasi dengan penambahan alkohol sehingga terbentuk suatu matriks seperti lem dalam jumlah berlebihan. Hal ini dapat menyebabkan DNA menjadi kental, sulit larut secara sempurna dan sulit dipipet meskipun telah dilarutkan dengan buffer TE.

Cara pemekatan yang sering dilakukan adalah presipitasi ethanol. Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu dibawah 20˚ C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik. Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan ethanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi pesipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan. Dalam proses ini ion Na+ akan memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif ion fosfat DNA. Kutub tersebut bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan berkumpul (Dollard;1994 dalam Jamilah;2005). Selain itu Dollard menyatakan bahwa garam juga berperan penting, yaitu untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergent, keduanya berfungsi seperti lysing buffer


Aksi

Information

One response

6 11 2009
zuzoqu

wah blog apa’an ini hehehehehe3hehehehehehehehe

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s




%d blogger menyukai ini: